Mascarando os dados (~Contar e criar flag para campo único)

## mascarando documentos na base base_dados
base_dados$cliente_id <- with(base_dados, as.numeric(factor(Documento,levels=unique(Documento) )));
base_dados$cliente_id;

## traz coluna id para primeira posicao e exclui campo documento
base_dados <- base_dados[,c(4,2,3)];

## poderiamos ter feito passo a passo excluindo a coluna Documento
## utilizando: base_dados <- base_dados[,-1];

Ps.: Os dados são fictícios (obviamente)!